«Магнит» является лидером по количеству продовольственных магазинов и территории их размещения. На 30 сентября 2014 года сеть компании включала 9 020 магазинов, из них: 7 891 магазин в формате «магазин у дома», 175 гипермаркетов, 68 магазинов «Магнит Семейный» и 886 магазинов «Магнит Косметик».
Магазины розничной сети «Магнит» расположены в 2 019 населенных пунктах Российской Федерации. Зона покрытия магазинов занимает огромную территорию, которая растянулась с запада на восток от Пскова до Нижневартовска, а с севера на юг от Архангельска до Владикавказа. Большинство магазинов расположено в Южном, Северо-Кавказском, Центральном и Приволжском Федеральных округах. Также магазины «Магнит» находятся в Северо-Западном, Уральском и Сибирском округах. Магазины розничной сети «Магнит» открываются как в крупных городах, так и в небольших населенных пунктах. Около двух третей магазинов компании работает в городах с населением менее 500 000 человек.